管理科學與物流系是在始建于1980年的管理科學與工程系（學科）基礎上發展而來，1996年全國首批獲管理科學與工程一級學科博士學位授予權的單位之一，同年被批準設立博士后流動站。2002年，被評為北京市重點學科，本學科點內設置的“國民經濟動員學”學科被評為國防科工委重點學科。2004年，以本學科為主干力量，獲得教育部“985”二期工程“國防科技管理與國防動員研究中心”哲學社會科學創新基地建設項目。2012年評為工信部重點學科。2013年5月更名為管理科學與物流系。與管理工程系共同建設信息管理與信息系統本科專業。
本系的主要研究方向有：決策理論與方法、系統可靠性與風險管理、知識管理與創新管理、復雜系統建模與管理系統工程、物流與供應鏈管理和商務分析。
全系共有教師14人，其中教授8人，副教授4人，講師2人；其中有博士生導師10人、萬人計劃入選者1人、國家級教學名師1人、國防511人才1人、入選教育部新世紀優秀人才支持計劃5人。
